Jest to jeden z najstarszych kościołów Krakowa. W wyniku przeprowadzonych badań, odkryto kształt pierwotnej romańskiej budowli, która była fundowana w pierwszej połowie XII wieku. Od tego czasu, świątynia była wielokrotnie przebudowywana, m.in. w XVII wieku przedłużono ją o jedno przęsło i wzmocniono szkarpami. W roku 1726 zakon sióstr prezentek wszedł w posiadanie tegoż kościoła, leżącego u zbiegu ulic św. Jana i św. Tomasza, wtedy również wzniesiony został klasztor, który powstał w wyniku przebudowy czterech sąsiadujących z kościołem kamienic.
Źródło:
– Adamczewski J., 1992, Kraków od A do Z, Krajowa Agencja Wydawnicza Kraków, s. 122.