Pałac został wybudowany w latach osiemdziesiątych XIX wieku według projektu Antoniego Siedeka dla Huberta Krasińskiego, a następnie został zakupiony przez Emeryka Hutten-Czapskiego. Kilka lat później, już na zlecenie nowego właściciela, Tadeusz Stryjeński dobudował pawilon przylegający do pałacu, którego przeznaczeniem było pomieszczenie bogatej kolekcji numizmatycznej należącej do Emeryka Hutten-Czapskiego. Na elewacji pawilonu umieszczono napis po łacinie: "Monumentis Patriae naufragio ereptis" (Pamiątkom ojczystym ocalonym z burzy dziejowej). Na początku XX wieku rodzina Czapskich przekazała kolekcję miastu, a następnie trafiła ona pod opiekę Muzeum Narodowego w Krakowie.

Obecnie (czerwiec 2009) w Pałacu Czapskich prowadzony jest kompleksowy remont. Celem który przyświeca Muzeum Narodowemu w Krakowie jest stworzenie w rewaloryzowanym obiekcie Europejskiego Centrum Numizmatyki Polskiej. Po remoncie, którego zakończenie zaplanowane jest na 2013 rok w pałacu przy ulicy Piłsudskiego 12, będziemy mogli podziwiać najlepszą na świecie kolekcję monet, medali i banknotów polskich.